Las actividades de la Asociación Mexicana de Gastroenterología se iniciaron con su fundación por el maestro Abraham Ayala González el 16 de julio de 1935, en el Hospital General de México.

Hospital General de México, fundado en 1905.

Sin embargo, sus antecedentes directos se encuentran a partir de 1910, o sea en los años de formación de la gastroenterología mexicana como una especialidad que antes no existía y que vino a ser la razón de ser de la creación de nuestra Asociación. Por aquella época, los médicos mexicanos carecían prácticamente de toda comunicación con los países en los que se estaba practicando la medicina más avanzada. Al referirse a esta situación, el maestro Salvador Zubirán escribió en alguna ocasión que los graves sucesos que ocurrían en el México de aquel entonces "suspendieron bruscamente todo contacto y toda información con el exterior, acentuándose el atraso ya existente al hacer imposible el conocimiento de los avances científicos que se lograban en el mundo y, en particular, la aplicación de técnicas de diagnóstico y de recursos terapéuticos que surgían en forma explosiva en los centros médicos europeos y norteamericanos".

La falta de comunicación no era, sin embargo, el único factor que originaba el grado de atraso en que se encontraba la medicina en nuestro país debido a las graves carencias de todo tipo, ya que sólo algunos de los más grandes hospitales, entre ellos el Hospital Juárez, por ejemplo, contaba con un solo aparato de rayos X y el Hospital General, -en el cual al ser fundado en 1905 no se había destinado ninguna área para rayos X-, tenía en 1922 también un solo aparato, el cual se utilizaba principalmente para el estudio de problemas de traumatología.

A pesar de todos estos obstáculos, los médicos de aquel entonces lograron superar carencias y limitaciones difíciles de imaginar ahora, y habían hecho sus estudios en condiciones de pobreza y de enormes dificultades en la época revolucionaria, pero con gran dedicación y, a base de esfuerzos, lograron destacar en el ejercicio profesional y en la enseñanza, convirtiéndose en los médicos del siglo, entre ellos los doctores Ignacio Chávez, Abraham Ayala González, Aquilino Villanueva, Leonides Guadarrama, Miguel Bustamante, Gustavo Baz, Federico Gómez, Gastón Melo, Salvador Zubirán, Raoul Fournier, por mencionar sólo algunos, quienes para poder enseñar los conceptos propios de cada especialidad, tuvieron primero que aprender, pero sin maestros, pues nadie tenía los conocimientos necesarios en cada rama, de tal manera que tuvieron que ser, por necesidad, autodidactas.

Esta inclinación por empezar a interesarse en las especialidades fue consecuencia de la explosión de conocimientos que se produjo después de la Primera Guerra Mundial. Por aquel entonces el centro hospitalario máximo de nuestro país era el Hospital General de México, el cual había sido fundado en 1905 y, en el año de 1923, tres jóvenes que contaban apenas con tres o cuatro años de haberse recibido de médicos, el Dr. Ignacio Chávez, el Dr. Aquilino Villanueva y el Dr. Abraham Ayala González, se empezaron a interesar por el estudio y la atención especial de enfermos con padecimientos de los aparatos cardiovascular, urinario y digestivo respectivamente.